Sau gần 18 năm trong lao tù cộng sản, Linh mục Gioan Bosco Maria Phạm Ngọc Liên, CMC, đã được trả "tự do" vào sáng ngày 28 tháng 4 năm 2005 vừa qua.

Sau biến cố Nhà Dòng Đồng Công tại Việt Nam bị Nhà Nước chiếm đóng, và một số linh mục tu sĩ Dòng Đồng Công, cùng với một số giáo dân, bị bắt giam vào tháng 5 năm 1987, Cha Gioan Bosco Maria Phạm Ngọc Liên đã bị bắt vào ngày 21 tháng 5 năm 1987. Đến ngày 30 tháng 10 năm 1987, cùng với các linh mục, tu sĩ, và một số giáo dân, Cha Liên đã bị Tòa án Nhân Dân Thành Phố Hồ Chí Minh xét xử và kết án. Cha đã bị kết án 20 năm tù và 5 năm quản thúc vì tội phá hoại tình đoàn kết nhân dân và tuyên truyền. Cha đã bị giam tại Nhà tù Tuy Hoà, và sau này, tại trại tù K3 ở Long Khánh, và cuối cùng, Cha bị đưa về Nhà tù Z30, tại Xuân Lộc.

Từ sau ngày Cha bị kết án, và nhất là từ ngày bệnh của Cha mỗi ngày mỗi thêm trầm trọng, nhiều cơ quan quốc tế, cách riêng, nhóm Ân Xá Quốc Tế tại London, Anh Quốc, đã không ngừng tranh đấu để Cha được tha về.

Trong số các linh mục tu sĩ Đồng Công bị kết án vào năm 1987, nay còn Tu sĩ Bênađô Nguyễn Thiên Phụng vẫn bị giam cầm tại Nhà tù Z30, Xuân Lộc, với án tù 20 năm.